基金會重大違失事件

1. 對於已經離職的劉姓老師，學校沒有報到縣府，每月仍繼續撥付薪資到基金會成立專戶，以作為基金會的零用錢專戶，據當時的執行長楊文貴先生在2011年12月29日的董事會中表示，人文國民中小學是功辦民營學校，有些東西本來就可以不在法律的要求下來做。
2. 上述已離職的劉姓老師當時的男朋友李先生，時任職於學校的人事，卻「剛好」也考上學校當年度的正式教師，但是考取正式教師資格後，從未在人文教授該門學科。不免讓人懷疑其中有對價關係。
3. 基金會自98年度起，非法向家長收取每學期3600元的適性費用。
4. 基金會藉由經營人文國中小之便， 罔顧國中小同學合法使用教室的權利 ，讓無學籍行動高中的學生（無任何法源依據而成立），擅自使用人文國中小的教室，嚴重影響國中部的教學品質。
5. 基金會藉由經營人文國中小之便，擅自調用人文國中小的三位正式縣聘教師，支援無學籍行動高中，還支領行動高中的夜間加班費用，除有長期瀆職之嫌，並有不正常兼差情事。